肥料可分成化学合成肥料（化肥）和有机（类）肥料，这两类肥料又分别包含了各种不同种类的肥料品种。所谓有机（类）肥料指的是一类包含有机物质的肥料，目前商品化的有机肥料主要包括商品有机肥、商品有机无机复混肥、商品生物有机肥、商品有机无机生物复混肥（商品全元生物有机肥）以及商品有机液态肥。传统有机肥料指的是农家肥、绿肥、作物秸秆等，它们不具备商品性，一般不进入市场流通，而商品有机（类）肥料是利用传统有机肥作为原料加工制成的各种含有机成分的一类肥料，它们具备商品性，具有农业行业标准或国家标准。
  二十多年前，人们通常讲的有机肥料就是农家肥料，如人畜禽粪尿肥、秸秆肥、绿肥、人工堆肥或沤肥等，它们都是非商品化的有机肥料。但是，随着社会经济的快速发展，农村已经没有劳动力去施用传统的农家肥料，而且农家肥料培肥土壤的效应远被化肥当季增产的效果所淹没，施用农家肥料已经成为一件非常稀奇的事情。
  然而，如果一直施用（往往是过量施用）化肥，尤其是过量施用化学氮肥，就会导致土壤酸化、土壤结构破坏、土壤微生物区系破坏和生物活性低下、农产品品质下降和风味丧失等结果。于是，我国一方面继续大力推广施用传统农家肥料，如种养结合、秸秆直接还田等；另一方面，开始大力扶持商品有机（类）肥料产业发展，将农业有机废弃物集中处理制成腐熟堆肥，或进一步加工制成各种商品有机（类）肥料产品。

发展有机（类）肥料产业意义重大

  施用有机肥料是提高土壤肥力的主要途径之一。土壤是农业生产的主要自然资源，作物生产从根本上可以说是土壤生产。高肥力土壤由于其微生物活性高，具有更强的消除环境污染的能力，从而使突发性污染事件不至于立即或更大程度地污染农产品、甚至进入食物链而危害人类健康。高肥力土壤还由于其协调土壤水肥气热的能力强、养分供应持续和稳定、土壤微生物和酶活力强等，能使农产品品质和风味显著提高，蔬菜和水果保鲜期显著延长，这是有机培肥、生产“好吃食物”的理论依据所在。
  只有施用有机肥料，才能使自然界养分循环利用得以实现。目前我国每年产生的农业有机废弃物资源折算成氮磷钾养分约6000万吨，其中农田利用的不足一半，还有相当大比例的农业固体有机废弃物养分资源散失在环境中，而我国每年用于作物生产的化肥折算成氮磷钾养分约5400万吨，若将上述有机养分资源充分利用，大概可以节省我国一半左右的化肥养分投入，这是一个巨大的养分资源。
  施用有机肥料有利于环境保护。我国水体环境的富营养化，主要来自固体有机废弃物向水体的排放，农田化肥养分的排放只占很小比例。我国各湖泊水体环境富营养化程度目前还是十分严重，对于太湖、滇池、巢湖、洞庭湖、鄱阳湖等湖泊来说，截断有机和无机养分向水体输入是唯一能实现防控水体富营养化的途径。而发展有机（类）肥料产业，在肥料产业发展中保护水体环境，这是一个集肥料产业、土壤培肥和水体环境保护、作物优质高产等诸方面共赢的伟大事业。
  发展生物有机肥是确保发展高效农业的关键途径之一。生物有机肥料指的是一类包含特定功能的微生物菌种、并且生产工艺上有一个二次固体发酵阶段的特殊有机肥料，它克服了传统概念上的生物肥料（实际上是生物菌剂）的缺点，即菌种含量高但没有有机载体或有机物很少，仅作为一种接种剂，正是由于没有有机载体，这些生物肥料（生物菌剂）施入土壤后功能菌不能在土壤中有效定殖，更谈不上发挥作用。而生物有机肥料施入土壤后，通过足量的有机物质给外源功能微生物提供足够的能源物质，使这些外源功能微生物在土壤中易于定植和繁殖，待作物根系生长后分泌大量根系分泌物，这些已经在土壤中定植的外源功能菌就能趋化至根表和根际，实现根际微生物区系的调控，发挥根际有益菌活化养分、刺激植物根系生长和拮抗土传病原菌等作用。

科学施用有机肥料应解决重金属和抗生素及抗生素抗性基因问题

  有机肥料（这里指的是腐熟堆肥）除了速效养分不够、当季作物增产不明显的缺点外，还存在一些其他缺点。例如，利用畜禽粪便制造的腐熟堆肥中有害物质的问题最受关注，为了更好地利用有机肥料，要注重源头控制、无害化处理等，科学合理利用有机肥。
  基于环境保护、资源利用及市场接受的角度，当前重要的有机肥肥源是集约化养殖场的畜禽粪便、作物秸秆和农产品加工下脚料，这三大组分复配后经过高温好氧堆肥处理，转变为具有商品性状的普通有机肥和其他功能型有机（类）肥料产品。商品有机（类）肥料产品中的有害物质主要来自畜禽粪便，其种类和含量差别很大。但人们总体关注的有害物质包括两大类，一类是重金属（包括类金属，以下简称重金属）；另一类是抗生素及抗生素抗性基因（Antibiotic resistance genes，简称ARGs）。
  由于能够促进动物生长、提高饲料效率和控制与治疗疾病，微量重金属元素（如锌、铜、砷等）和兽用抗生素如喹诺酮类、β-内酰胺类、大环内酯类、磺胺类和四环素类抗生素等被长期添加于饲料中，在全球范围内广泛应